Академия ниндзя (яп. 忍者学校?) — учебный центр для студентов вплоть до получения ими звания генина.
Обучением занимаются специально подготовленные для этого чуунины. Помимо очевидных предметов, таких как военное искусство и физическая выносливость, в Академии изучаются чтение, письмо, математика, география. Также они получают знания о чакре, техниках печати и способах их складывания, а также основных типах дзюцу:
Тайдзюцу — боевые искусства в сочетании с физической выносливостью.
Ниндзюцу — методы использования собственной чакры для осуществления какой-либо техники, к примеру, теневого клонирования.
Гэндзюцу — возможный контроль над разумом и действиями противника, а также способы борьбы с подобными техниками.
Успешность или провал на стадии обучения не всегда свидетельствует о реальных возможностях ниндзя, к примеру Наруто Узумаки и Джирайя считались бездарными учениками, хотя стали великолепными шиноби. К слову сказать, неплохие результаты в борьбе с врагом показал и Рок Ли, из трёх основных типов дзюцу фактически овладевший только тайдзюцу.
Выпускной экзамен включает в себя письменное тестирование и практическую часть, на которой студент демонстрирует освоенные им навыки ниндзя. Успешно сдавшие экзамен получают налобный протектор (яп. 額当て Хитай-атэ?) — повязку с нанесённым на металлическую пластинку символом родной деревни.